Un pubblico concorso, affidò la direzione del museo al prof. Antonio Valle, nato a Trieste nel 1925 e laureatosi in scienze naturali presso l’Università di Parma; resse l’incarico fino al 1979. Furono anni di grande sviluppo e di fondamentali cambiamenti per il Museo. Grazie all’elevata personalità scientifica di Antonio Valle – assistente ordinario all’Istituto di Zoologia dell’Università di Parma e successivamente direttore dell’Istituto di Zoologia della Facoltà di Agraria dell’Università Cattolica del Sacro Cuore di Piacenza – si passò da un’impostazione basata sulla custodia delle collezioni ed un’esposizione essenziale, ad un’apertura agli studi scientifici. Particolarmente approfonditi furono quelli dedicati agli scorpioni ed agli acari, che portarono ad un notevole incremento delle conoscenze sulla sistematica e sulla biologia dei due gruppi, testimoniato da una ricca produzione bibliografica e dalla presenza in Museo di collezioni di alto valore scientifico. Valle promosse anche ricerche sul territorio con particolare attenzione agli aspetti relativi alla qualità dell’ambiente quali lo studio del Lago d’Endine, dei fiumi Brembo e Serio e di alcuni fontanili della pianura bergamasca. All’inizio degli anni ’60 fu stipulata una convenzione fra il Comune di Bergamo e l’Università degli Studi di Milano per l’apertura, in Piazza Cittadella, di sezioni degli Istituti di Scienze della Terra e, successivamente, di Zoologia.
