Il primo nucleo della collezione mineralogica comprendeva minerali dell’Isola d’Elba, minerali dei Monti Carpazi e minerali della Sicilia provenienti da collezioni donate al museo tra il 1887 e il 1888. La collezione di petrografia, presente dal 1900, trae spunto da un nucleo originario costituito da rocce della ferrovia ligure e del traforo del S. Gottardo donate nel 1886.Successivamente l’incremento di queste collezioni è stato legato soprattutto alle donazioni di privati cittadini.