L’Associazione è amministrata da un Consiglio di amministrazione che resta in carica per tre anni e che attualmente è composto dal Presidente Giorgio Perolari, dalle Vicepresidenti Lina Cassiano Quirci e Agostina Penna De Beni e dai Consiglieri Alfredo Gambardella, Cristina Moro e Giulio Pandini tutti eletti tra i Soci. Segretario Giuseppe Pedroli.
Il Consiglio comprende anche, ma senza facoltà di voto,
l’Assessore alla Cultura del Comune di Bergamo e due responsabili del Museo di Scienze Naturali.
Sono organi dell’Associazione anche:
- il Collegio dei Revisori, composto da tre soci, che ha il compito di controllare l’andamento amministrativo e contabile dell’Associazione. Attualmente è composto dai soci: Luca Bonazzi, Guido Pandini e Veronica Vassalli;
- il Collegio dei Probiviri, composto da due persone (anche non socie) elette dall’assemblea ordinaria con il compito di esaminare le eventuali controversie tra soci e tra Associazione e soci. Attualmente sono in carica: Berardo De Beni e Valeriano Quirci. Tutte le cariche sono gratuite.
Dell’Associazione fanno parte anche Soci che per meriti sono inseriti a titolo onorario.