A partire da 2 milioni di anni fa il mare lascia la pianura e si ritira fino alle attuali spiagge. I fiumi ricoprono la pianura con uno spesso manto di ghiaie. In alcune valli si formano pantani e laghetti con sedimenti ricchi di fossili: ne è un esempio il bacino lacustre di Leffe da cui proviene la mandibola con zanne di un giovane Mammuthus meridionalis. Sono esposti anche fossili di antichi bisonti e rinoceronti.
Le rocce dell’era Neozoica sono prevalentemente argilliti lacustri e conglomerati fluviali.
E’ l’era delle grandi glaciazioni, e i ghiacciai scavano profondi solchi tra i monti, oggi occupati dai laghi di Lecco, Endine ed Iseo.
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