Le collezioni zoologiche raccolgono esemplari provenienti da tutto il mondo ed esemplari tipici della fauna bergamasca. Sono ben rappresentate tutte e cinque le classi dei vertebrati. Tra gli invertebrati è di grande importanza la ricchissima collezione di artropodi, che raccoglie più di un milione di reperti, all’interno della quale rivestono un’importanza notevole le raccolte di aracnidi e insetti.