In macchina: uscita autostrada A4 “Bergamo”, seguire le indicazioni per “Città Alta” e per “Largo Colle Aperto”. Il Museo si trova in Piazza Cittadella che è chiusa al traffico. Parcheggi a pagamento si trovano lungo tutte le mura e in Colle Aperto. La domenica pomeriggio e nei giorni festivi Città Alta è chiusa al traffico.
In treno: fermata FS “Bergamo”, dalla stazione prendere l’autobus “1A” per Colle Aperto/Università, il biglietto è acquistabile in stazione. Il Museo è raggiungibile anche con la funicolare per Città Alta.