Le collezioni didattiche naturalistiche del Regio Istituto Tecnico Vittorio Emanuele II, riordinate e rese visitabili al pubblico nei giorni festivi, furono il primo nucleo di formazione del Museo di Scienze Naturali di Bergamo. La sede del Regio Istituto Tecnico era allora in città bassa, nel Palazzo della Pretura Nuova al n°1 di via Tasso.

14 luglio, il Museo veniva solennemente inaugurato ed aperto nella vecchia sede del Palazzo Nuovo (5 sale, un salone ed una camera per il preparatore) il 14 luglio alla presenza di tutte le autorità civili e militari. La decisione di scindere il Museo dall'Istituto Tenico e di renderlo "...completamente civico, di riordinarlo e di costituirlo autonomo..." fu approvata nel 1917 nelle sedute del Consiglio Comunale del 19 maggio e del 17 luglio con una convenzione stipulata fra Comune, Provincia e Regio Istituto Tecnico.

Durante il periodo in cui Caffi era direttore, il Museo subì due trasferimenti di cui il primo, nel 1922, si limitava ad uno spostamento di materiali e scaffali al piano superiore dello stesso edificio. Il secondo e più impegnativo cambio di sede avvenne tra il 1° agosto ed il 10 novembre 1927 quando il Museo si trasferì nei locali precedentemente occupati dal Tribunale, sul lato est di Piazza Vecchia e su via Bartolomeo Colleoni. Il Museo fu riaperto al pubblico, senza solennità, il 1° luglio 1928. Al primo piano si trovavano: la sala della Direzione e del Consiglio con biblioteca e laboratorio, la sala di entomologia, gli erbari ed un locale per il custode. Al secondo piano: la raccolta mineralogica, l'esposizione dei fossili, la parte dedicata all'etnografia ed altri due ambienti destinati al magazzino ed al laboratorio.

Un pubblico concorso, affidò la direzione del museo al prof. Antonio Valle, nato a Trieste nel 1925 e laureatosi in scienze naturali presso l'Università di Parma; resse l'incarico fino al 1979. Furono anni di grande sviluppo e di fondamentali cambiamenti per il Museo. Grazie all'elevata personalità scientifica di Antonio Valle - assistente ordinario all'Istituto di Zoologia dell'Università di Parma e successivamente direttore dell'Istituto di Zoologia della Facoltà di Agraria dell'Università Cattolica del Sacro Cuore di Piacenza - si passò da un'impostazione basata sulla custodia delle collezioni ed un'esposizione essenziale, ad un'apertura agli studi scientifici. Particolarmente approfonditi furono quelli dedicati agli scorpioni ed agli acari, che portarono ad un notevole incremento delle conoscenze sulla sistematica e sulla biologia dei due gruppi, testimoniato da una ricca produzione bibliografica e dalla presenza in Museo di collezioni di alto valore scientifico. Valle promosse anche ricerche sul territorio con particolare attenzione agli aspetti relativi alla qualità dell'ambiente quali lo studio del Lago d'Endine, dei fiumi Brembo e Serio e di alcuni fontanili della pianura bergamasca. All'inizio degli anni '60 fu stipulata una convenzione fra il Comune di Bergamo e l'Università degli Studi di Milano per l'apertura, in Piazza Cittadella, di sezioni degli Istituti di Scienze della Terra e, successivamente, di Zoologia.

Il 29 giugno veniva inaugurata la nuova sede del museo nel complesso visconteo di piazza Cittadella, alla presenza delle autorità cittadine e del Presidente del Consiglio Tambroni.

La stessa linea di gestione del Museo intrapresa da Valle venne mantenuta da Mario Guerra, direttore del Museo dal 1979 al 1997. Nato a Crema nel 1930 e laureatosi in medicina veterinaria all'università di Milano Guerra, esperto ornitologo, dedicò la sua attenzione allo studio degli uccelli non solo del nostro territorio ma anche a quelli dell'Africa orientale. Il suo interesse si è rivolto anche allo studio ed insegnamento delle tecniche della tassidermia che si esplicò nell'organizzazione di due corsi mirati alla formazione di giovani tassidermisti. Abile disegnatore ha prodotto un gran numero di disegni a soggetto naturalistico caratterizzati dal suo inconfondibile stile e da una accuratezza nei dettagli che esprime una profonda conoscenza dei soggetti rappresentati. Nel 1980 curò l'edizione del primo volume della "Rivista del Museo civico di Scienze Naturali E. Caffi" che da allora pubblica articoli inerenti le scienze naturali con particolare attenzione all'attività svolta dal Museo. Nel 1982 diresse la ricostruzione del mammuth che giganteggia nell'ingresso.

Mario Guerra lasciò la direzione del servizio Musei e un concorso pubblico affidò la stessa mansione a Marco Valle, laureato in Scienze Naturali presso l’Università degli studi di Milano e tuttora responsabile del Museo. Poliedrica figura di naturalista, Valle è responsabile dell’ulteriore apertura del Museo verso una collaborazione sempre più intensa con studiosi italiani ed esteri e dell’incremento dell’attività di divulgazione anche con la sperimentazione di nuove forme di comunicazione.

“Bergamo…220 milioni di anni fa “è l’emblematico nome della mostra dedicata ai fossili del triassico superiore rinvenuti durante le campagne di ricerca organizzate dal Museo a partire dagli anni ’70 in alcune località della provincia di Bergamo. Fra essi spicca Eudimorphodon ranzii rinvenuto nel 1973 presso Cene e descritto come specie nuova per la scienza da Rocco Zambelli, allora conservatore del Museo. Molti altri fossili preparati nei laboratori dell’Istituto con un altissimo livello di specializzazione sono esposti in questa sala dove uno spettacolare diorama ricostruisce l’ambiente che caratterizzava il territorio della nostra provincia 220 milioni di anni fa.

Apertura al pubblico della sala di etnografia ove è possibile ammirare reperti attribuibili a culture tradizionali dei continenti americano ed africano con alto valore artistico e rituale fra cui gli oggetti appartenuti a Costantino Beltrami custoditi in Museo dai primi anni della sua storia e quelli appartenenti ad una collezione di reperti africani donata nel 1989 dal comm. Aldo Perolari.

Realizzazione della sala dei mammiferi marini in cui campeggia un imponente scheletro di una giovane femmina di capodoglio spiaggiatasi a Piombino nel 2008. L’allestimento curato dal personale del Museo, che ha provveduto anche alla preparazione di ogni parte del reperto, simula l’immersione dell’esemplare in acqua. L’osservazione delle parti scheletriche permette di notare le modificazioni subite dai Cetacei in seguito all’adattamento alla vita acquatica.

È l’anno del centenario del Museo. Cent’anni di studi, ricerche, crescita culturale e soprattutto di presenza attiva in città dove l’Istituto è un valido punto di riferimento per la conoscenza della Natura del territorio provinciale e non solo. In occasione di questo importante traguardo sono state realizzate diverse iniziative e tra queste la mostra “Noi abbiamo 100 anni, loro molti di più. DINOSAURI AL MUSEO” che ha coinvolto l’intero settore espositivo. Inaugurata ed aperta al pubblico il 10 marzo, la mostra ha coniugato un argomento di grande impatto con il patrimonio paleontologico e zoologico presente in Museo consentendo di valorizzare aspetti naturalistici di grande rilevanza legati al territorio provinciale e favorendo approfondimenti legati a temi più generali e di stretta attualità quali l’evoluzione e le estinzioni. Pensata per coinvolgere un pubblico il più possibile ampio e diversificato per età, formazione cultuale e interessi personali, la mostra ha riscosso un notevole gradimento, anche grazie alle spettacolari ricostruzioni in vetroresina a grandezza naturale, tanto da indurre la decisione di posticiparne la chiusura, prevista per il settembre 2018, al gennaio 2019.