Una porzione della sala dedicata al Cenozoico comprende una sezione in cui vengono esposti fossili riferiti al Pliocene e Pleistocene bergamaschi. In queste vetrine vengono descritti i cambiamenti che ha subito il nostro territorio in un arco di tempo compreso tra circa 5 milioni e 10.000 anni fa. La sala accoglie inoltre una sezione periodicamente aggiornata dedicata alle donazioni che il Museo riceve sia da privati sia da altri istituti. Alcune vetrine inoltre descrivono le attività di ricerca svolte dall’Istituto sul territorio provinciale, come nel caso delle ligniti della Val Gandino o della grotta di Oltre il Colle, in Val Seriana, in cui sono stati ritrovati numerosi resti di Ursus spelaeus, l’orso delle caverne oggi estinto.
I resti fossili di vegetali, invertebrati e vertebrati hanno permesso una ricostruzione paleogeografica della provincia di Bergamo in un arco di tempo, segnato dall’ultimo evento di ingressione marina nel nostro territorio, compreso tra il Pliocene ed il Pleistocene inferiore. Gli invertebrati ritrovati, per lo più molluschi, ma anche scafopodi ed echinodermi, sono indicatori di tre ambienti marini diversi quali fondi sabbiosi, fondi ghiaiosi e scogliere. Lo studio dei semi fossili di piante come la Sequoia, che oggi vivono solo nel Nord America, ha permesso di ipotizzare per il Pliocene inferiore bergamasco un clima temperato umido. Dal Pliocene medio sono invece state rinvenute foglie di piante tipicamente asiatiche come la Magnolia che indicano un clima temperato caldo.
Tra i pochi resti di vertebrati sono stati scoperti nei sedimenti pliocenici otoliti, concrezioni calcaree poste nel labirinto dell’orecchio interno, appartenenti a pesci della famiglia Gobiidae, comunemente detti ghiozzi. Degne di nota le scoperte del neurocranio di un grosso esemplare di maschio adulto e di una porzione di palco di Cervalces latifrons. Entrambi i reperti, non appartenenti al medesimo individuo, sono molto ben fossilizzati. Questa specie estinta di Cervide è vissuta in Europa ed in Asia nel Pleistocene. La sua principale caratteristica era il palco molto più ingombrante rispetto alle specie attuali con aste molto lunghe che potevano superare anche i 2 metri di estensione laterale. I resti di questo alce sono stati ritrovati in un antico bacino lacustre presso Ranica, in Val Seriana, e testimoniano un periodo di clima freddo che ha interessato la bergamasca alla fine del Pleistocene inferiore, circa 1 milione di anni fa.
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