Le collezioni zoologiche comprendono raccolte storiche, presenti fin dai primi anni di esistenza del Museo, altre acquisite nel tempo come donazioni ed altre ancora strettamente derivate dalle attività di ricerca svolte dal Museo in ambito locale e nazionale. Le cinque classi di vertebrati sono ben rappresentate. Per gli invertebrati di notevole importanza è la ricchissima collezione di artropodi che raccoglie oltre un milione di reperti e, al suo interno, particolarmente rappresentative sono le raccolte di aracnidi e insetti.
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