Cenozoico
Le collezioni paleontologiche bergamasche cenozoiche sono state prevalentemente istituite in riferimento ad alcuni giacimenti e sono principalmente caratterizzate da resti di grandi mammiferi, oggi estinti, tipici del Quaternario. Di seguito vengono descritte alcune tra le principali collezioni appartenenti a questa categoria.
Flora e fauna del Pliocene
La collezione è stata costituita tramite campagne di scavo e donazioni di privati. Gli oltre 2.000 reperti provengono dagli strati di sabbie gialle e argille azzurro-grigiastre in località prossime al Torrente Tornago presso Almenno San Bartolomeo. La fauna è rappresentata in maggior parte da molluschi fossili che testimoniano l’ultima avanzata del mare all’interno delle valli orobiche nel Pliocene (5,3 - 2,5 milioni di anni fa). Tra i reperti vegetali degni di nota si segnala un seme di Juglans cf. cinerea - nota come “noce bianca” o “noce di burro” – specie che attualmente vive allo stato spontaneo solo nell’area al confine tra America e Canada.
Leffe
I primi reperti provenienti dall'antico bacino lacustre di Leffe in Val Seriana sono giunti in Museo nel 1865. Lo studio delle specie animali e vegetali scoperte negli affioramenti di lignite ha permesso di ricostruire la storia dell'antico specchio d'acqua che nel Pleistocene inferiore occupava parte della Val Gandino. I primi fossili studiati furono quelli vegetali. L'identificazione di questi fossili ha permesso di stabilire quali piante vissero lungo le sponde del Bacino di Leffe e sui rilievi circostanti. Tuttavia, senza ombra di dubbio, i reperti fossili più spettacolari sono i resti di proboscidati.
Sovere
Nel 2001 il museo ha organizzato, con la Soprintendenza Archeologica della Lombardia, uno scavo di emergenza presso Sovere, in Val Borlezza, per il recupero di uno scheletro fossile, perfettamente conservato, intero e in connessione anatomica, di un esemplare di Cervus acoronatus. Complessivamente durante la campagna di ricerca sono stati recuperati oltre 2.000 reperti tra resti vegetali, vertebrati ed invertebrati: una finestra sul passato quando circa 700.000 anni fa nell’area si era sviluppato un bacino lacustre.
Zorzone
Importante collezione di circa 4.000 reperti tutti provenienti dalla grotta chiamata "Büs di Tri Fradéi", presso Zorzone nel Comune di Oltre il Colle. Dal 1989 al 1997 il Museo ha condotto campagne di ricerca presso questo sito che hanno permesso la raccolta di numerosi resti di Ursus spelaeus la cui datazione al C14 ha fatto risalire a circa 33.500 anni fa.
Petosino
A partire dal 1905 fino al 1930 le due società Ing. Sassi e C. e Ing. Sala F. e C. fecero a più riprese dono al Museo dei reperti fossili emersi negli scavi effettuati in una cava di argilla presso Petosino. Si tratta di circa 40 pezzi comprendenti due zanne, un molare, parte di una mandibola, una scapola, due vertebre e alcune ossa appartenenti agli arti anteriori di Mammuthu primigenius, risalenti fino ad un massimo di 30.000 anni fa. Fanno parte della collezione anche resti di altri grandi mammiferi come Alces alces e Bison priscus.
Altre Collezioni
Le collezioni di Paleontologia bergamasca riferite al Quaternario raccolgono reperti che ben descrivono i tanti ambienti di tipo continentale che in migliaia di anni hanno caratterizzato il nostro territorio al variare delle condizioni geologiche e climatiche: per lo più resti di grandi vertebrati e fossili riferiti a specie botaniche ci vengono in aiuto nell’identificare i depositi lacustri, fluviali e di grotta depositati nelle diverse fasi glaciali ed interglaciali del Quaternario bergamasco.