Comprende circa 45.000 reperti, costituisce il nucleo principale delle collezioni paleontologiche del museo e raccoglie magnifici fossili provenienti esclusivamente dal territorio orobico. Tra questi, quasi un centinaio, sono stati riconosciuti come generi o specie nuovi alla scienza (olotipi) e in alcuni casi costituiscono esemplari unici al mondo e per questo motivo ancor più eccezionali. La raccolta è costantemente incrementata grazie alle campagne condotte dal Museo, alle collaborazioni con altri istituti di ricerca, a segnalazioni di ricercatori e grazie alle tantissime donazioni fatte negli anni da privati. Il continuo lavoro di ricerca, valorizzazione e tutela svolto dal Museo testimonia la stretta relazione che lega l’Istituto al territorio che la circonda. Vista l’enorme quantità dei reperti e l’importanza di alcune località bergamasche che hanno restituito fossili eccezionali, per rarità e per stato di conservazione, la “Paleontologia Bergamasca” è caratterizzata da un’ulteriore suddivisione in collezioni legate non solo a particolari ricercatori ma anche strettamente connesse ai siti di rinvenimento dei fossili. Anche questa collezione trae origine da donazioni avvenute già a partire dalla fine dell’800 come quella di Antonio Varisco del 1877 che comprende flora e fauna bergamasca di età comprese tra il Triassico e l’Olocene o come quella di Rota Matteo risalente al 1918 e comprendente vertebrati e invertebrati del Triassico, Giurassico, Eocene e Olocene.

Di seguito verranno descritte le principali collezioni paleontologiche che raccolgono fossili legati alla nostra provincia e riferibili ai diversi periodi geologici che hanno caratterizzato la storia del nostro territorio.