L’esposizione si arricchì di due spazi espositivi dedicati rispettivamente al Carsismo e alla Mineralogia e Petrografia e di una sala interamente dedicata ai dinosauri in cui campeggia il calco dello scheletro di un esemplare Allosaurus fragilis ritrovato nello Utah (USA). Anche l’attività di ricerca visse momenti particolarmente fervidi con il ritrovamento di abbondanti resti di Ursus spelaeus ad Oltre il Colle e con la realizzazione di ricerche faunistiche mirate ad approfondire la conoscenza soprattutto di Aracnidi ed Insetti a livello locale e nazionale. Tra il 1988 e il 1992 venne realizzato un censimento di oltre 750 fontanili della pianura lombarda ed uno studio ecologico e faunistico su gran parte di essi. Nel 1995 nacque l’Associazione Amici del Museo di Scienze Naturali ancor oggi attiva nel promuovere e favorire le attività di ricerca e di divulgazione del Museo.