Primo Direttore del Museo fu il sacerdote dott. Enrico Caffi, nominato il 13 gennaio. Nato a S. Pellegrino nel 1886, Caffi, frequentò la scuola Missionaria a Milano ove venne consacrato sacerdote. Laureatosi in Scienze Naturali all’Università di Pavia, fu insegnante di scienze al Collegio S. Alessandro, al Seminario Vescovile e all’Istituto Tecnico. Rimase in servizio fino al 1947. Come direttore del Museo, Caffi si dedicò soprattutto al riordino ed alla catalogazione dei reperti di cui via via l’Istituto si arricchiva. I cataloghi da lui stilati costituiscono ancor oggi, non solo importanti documenti delle collezioni, ma anche preziose testimonianze storiche. Profondo conoscitore della geologia delle Orobie bergamasche dedicò i suoi studi anche alla flora ed alla fauna del nostro territorio. L’eclettismo del suo impegno trova testimonianza nella gran quantità di pubblicazioni e manoscritti da lui lasciati comprendenti: articoli di divulgazione scientifica, elenchi riassuntivi per gruppi sistematici delle specie presenti nella provincia, carte geologiche del nostro territorio, vocabolari dei termini dialettali di animali e piante ecc..